故事開始于終末之谷戰斗的兩年半后，隨自來也游歷修行的漩渦鳴人回到了故鄉木葉村。

在故鄉等著他的是已成為能獨當一面的醫療忍者小櫻和什么都沒變的卡卡西。但正當大家沉浸在重逢的喜悅之中時，卻傳來神秘恐怖組織「曉」擄走了我愛羅的消息。

鳴人他們和擁有壓倒性可怕力量的神秘恐怖組織「曉」之間，又會展開什么樣的對決!?投靠了大蛇丸的佐助的命運又將如何!?漩渦鳴人將卷起新的旋風。